Se jugó una etapa única con los cuatro equipos establecidos, fue todos contra todos ida y vuelta (6 fechas), al final el equipo que terminó en primer lugar clasificó a los play-offs del Ascenso Nacional 2021 como campeón provincial y el que terminó en segundo lugar clasificó como subcampeón provincial.[4][5]
En un inicio el Charapanos Fútbol Club de la ciudad de Zumba del cantón Chinchipe se coronó campeón del Campeonato de Ascenso de Zamora Chinchipe 2020-21 y obtuvo el derecho a jugar el torneo provincial de Segunda Categoría 2021, sin embargo no completó a tiempo el proceso de registro y quedó excluido del campeonato a la espera de que pueda integrarse en futuras ediciones.
Fuente: Aso Zamora Chinchipe Colores: Verde = victoria local; Amarillo = empate; Rojo = victoria visitante. Para partidos aún no disputados, una a indica que hay un artículo sobre el partido.